PNA 是由特殊的多酰胺骨架与碱基通过亚甲羰酰键连接其骨架上的 , 因此此分子结构不被核酸酶和蛋白酶识别、结合 , 所以 PNA 能抗酶的降解 ,在人血清、细菌提取物、埃氏腹水癌细胞核细胞质抽提物中均无明显降解 , 它抵抗真菌蛋白酶 K 、猪小肠黏膜蛋白酶分解的能力是对照肽类的 1 000 和 30倍 , 并且在一个相当大 pH 值范围内 PNA 都是稳定的 , 因此无论在体内或体外 PNA 都能长期存在。PNA 与 DNA 的结合导致限制性内切酶所需的特征结构发生改变 , 从而序列专一性地抑制内切酶对双链的切割。利用 PNA 的这种性质实验中当富含胸腺嘧啶的纯嘧啶 PNA 通过链取代机制与dsDNA杂交 , 使被取代的 DNA 链有单链性质 , 能被单链核酸酶 SI 降解 , 尤其当 dsDNA 上有两个相连相邻的PNA 靶序列时 , 利用靶序列互补的 PNA 片段 , 就可使核酸酶 SI 选择性地断裂 , 起到限制性内切酶的作用。进一步实验证明 , 当同性嘧啶 PNA 寡聚体连接在一起形成所谓 PNA 夹子时 , 链侵染的过程能够识别双股 DNA 中短于 7 个碱基长度的同性嘌呤序列 , PNA 夹子结合到双链 DNA 上 , 就会阻止酶的作用。应用一个 PNA 夹子就能保护一段同源嘧啶靶子所覆盖的专一性甲基化位点 , 甲基化后再除去PNA 夹子 , 则相应的限制酶就可以酶切这段 DNA ,因此只有夹子保护的那段甲基化酶作用位点 , 才适合作为限制酶的底物。 Boyles&Salynn 等人利用此原理采用原位杂交的方法很有效地区分结核菌和非结核菌 ,V eselkov 等亦使用此原理在很专一的位点上酶切了酵母菌基因组 , 实验中当 PNA 寡聚体连接到固定相上时 , 它亲和捕获碱基效果很好 ,Boffa等曾用这种方法获得含有 CGA 重复序列的活性转录基因。