目前微生物的检测手段仍主要依赖于传统的培养、血清抗体检测和生化特征鉴等方法, 这些方法存在着操作过程复杂、繁琐和耗时长等缺陷, 从而制约了对食源性疾病的监测、溯源、鉴定、预警和控制能力的提高。PCR 技术具有操作简便、快速、灵敏度高等特点, 是目前研究和应用较多的快速检测方法。但 PCR 方法在近年来的实践应用中表明, 食品和培养基中存在的抑制剂可影响 PCR 反应, 使检测结果呈假阴性 。尽管人们对PCR方法进行了不断的改进和完善, 却不能有效地阻止假阴性结果的发生, 因此当今微生物检测的金标准仍然是传统培养法。

PNA探针在微生物检测领域的运用并没有改变传统的检测模式, 相反, 将 PNA 探针的高敏感性和特异性应用到微生物检测方法中, 其样品的前处理, 和某些获取结果的方式与传统的检测技术非常相似, 可以直接得到确切的结果, 无需再进行其他检测。因此, 美国食品和药物管理局(FDA)推荐肽核酸荧光原位杂交技术用于快速检测血液中的某些致病菌。此外, 荧光染料作为PNA 探针直接检测的标记物, 使得检测方式简单化, 用不同染料标记可以实现同时对多种微生物的多重分析。与此同时, 自动杂交设备以及基于标准显微镜载玻片的高精度荧光扫描仪不断地诞生和更新满足了高通量筛选微生物的要求,如基于滤膜的 PNA-FISH 结合扫描技术可以精确地同时完成对细菌的检测鉴定和计数。